尽管最高法院在50年前就已经裁定，由公立学校举办的祈祷活动违反宗教、政治独立的精神。但在美国境内的许多区域，尤其是南方各州的乡村地区，公立学校仍然继续举办公开的祷告活动、基督教相关的符号未曾自校园中消失。

2011年9月1日，一位牧师在南卡罗莱纳州（South Carolina）的一场学校聚会中传道，他提到耶稣如何帮助他摆脱毒品，并且宣称与耶稣的联系是人的一生中最重要的部分。即使在座的部分学生显得并不愉快，他们仍然唱诗歌来歌颂耶稣。这个活动引起争议的原因是，他是在一个公立学校的运动会中举行的，所有六到八年级的学生都在场。主办人还把活动的影片发布在网路上，注解说明「本校的324名儿童决定追随耶稣」，使得这个议题浮上台面。随着信仰日趋多元，非基督徒对于这类公开传教活动的反对已经成为热门的网路议题。

1962和1963年最高法院的判例，是禁止使用公立学校资源传教的关键，保守派认为这项裁决代表了国家道德与社会的衰退。而法院与国会也同时强调了学生可以自由祷告，并有权利组织课后的宗教型社团。但关于宗教在学校中应扮演何种角色的争议仍然不曾停歇，美国公民自由联盟（American Civil Liberties union  ，一非营利组织，旨在「捍卫美国宪法所肯定的个人权利与自由」）最近控告南卡罗莱纳州的切丝特非尔镇（Chesterfield County），希望能禁止在校内举办团体祷告活动。美国公民自由联盟的控诉代表了一位被强迫参加祷告的七年级学生，以下是控诉书中提到的一些事件：

1.某高中的老师引用圣经的句子当成课堂中的事实范例，并且有一位老师在校门口用扩音器传教。而圣塔罗莎学区（Santa Rose County district）2011年九月败诉后，宣称他们将停止在公立学校中传教，但允许教师私下祷告，并且使用「上帝保佑」之类的说法。

2.在田纳西州的桑那镇（Sumner County），教师引导学生进行祷告和圣经讨论，并允许宗教团体在上课时间发送圣经。该地地方政府以承诺在本(12)月底前会禁止这样的活动。

3.波特摩（Baltimore）一所中学的校长被禁止继续主办祈求考试顺利的祷告会。

相对于美国公民自由联盟的诉求，基督教团体则认为这些禁止传教的方案太过激进，剥夺学生自己祈祷和与朋友分享宗教观点的权利，有位宗教人士认为这是一场对教师与学生自由发言权利的全面攻击。

尽管有许多争议，第一修正案中心（First Amendment Center，旨在倡导自由媒体）资深研究员认为，近年来，校园中的宗教自由在实质上是提升的。学生可以自由祷告、与同学分享。教师也可以在非上课时间祷告。较难界定的灰色地带在于典礼上的祷告，但一般共识是对群众的公开祷告应被判定违法，如毕业典礼或球赛等场合；而圣诞节派对的祝贺卡片分享则在合法范围，可由校方自行决定。

一个民间团体认为，目前的讯息并不足以判断这些违法的传教活动是在扩大还是衰退中，但受影响的家庭多倾向保持低调，避免诉诸法律，以免引起社会反感。

在上述的南卡罗莱纳案例中，因为学区内的居民信仰十分一致，所以在学校内举行传教活动并不会引起居民不满。对许多年长的居民而言，要相信这世界上有人不是基督教徒才是匪夷所思的情况。一位传教者甚至公开表示，他坚信他必须帮助学生建立与耶稣的关系，因为耶稣会给予学生他们所需要的一切。而对于非基督徒而言，这样的作法无异于每天对虔诚信徒宣传演化论。

尽管传教者宣称他们没有刻意违反法律规定，祷告一事并不是对全部学生公开的活动，每个人都可以自由选择是不是要来参加。美国公民自由联盟的诉讼书上指出，这些活动是大型活动的一部分，通常有邀请专门传递讯息的演讲人，有份宣传海报上还印有耶稣的图像和圣经图案。也有家长带着孩子出来作证，学生被恐吓，如果不参加集体祷告，就必须待在观察室里面等候，这对于学生而言和接受惩罚是同样的意思。美国公民自由联盟的代表律师提出：「不论如何，法令很明确地规定不可举行公开祷告，无论有没有给予学生选择参加的机会。」